C’est en 1885 que l’héritage de Pré-de-Vert (anciennement Pré-de-Vers), est acquis par Edmond Eynard. Outre des modifications apportées à la demeure, de nombreux travaux ont lieu, comme la création d’un étang artificiel, la construction d’une ferme et d’écuries, ou encore l’acheminement d’un chalet en provenance du village suisse de l’Exposition nationale de Genève de 1896. En 1913, Marguerite Russell-Eynard, descendante d’Edmond Eynard, hérite du domaine de Pré-de-Vert. De son union avec Claude Russell, un gentleman anglais, naît Claudi. La famille s’installe alors dans la propriété, où le petit garçon vit une enfance heureuse, choyé par sa famille et entouré de nombreux cousins avec qui il partage ses jeux dans un cadre naturel sans égal. Hélas, comme sa mère Marguerite, Claudi souffre d’une tuberculose qui l’emporte en 1917, quelques jours avant de fêter ses 12 ans. Un an plus tard, son père Claude succombe à la terrible grippe de 1918. Brisés par la perte de leur enfant, le couple avait exprimé le souhait de faire de Pré-de-Vert une Fondation dédiée aux enfants « indigents et délicats », en hommage à Claudi. Ce projet, porteur de sens, apporta à Marguerite un peu de douceur et d’apaisement dans son chagrin, avant qu’elle ne s’éteigne en 1924. La propriété fut alors léguée à la Fondation, qui, selon les vœux de Marguerite, porte les noms de son fils, de son père et de son mari.  

Si l’Institution Pré-de-Vert est historiquement définie comme un lieu d’hébergement pour des enfants rencontrant diverses difficultés sociales et familiales, elle se dote, dès 1962, d’une structure de scolarité adaptée pour répondre aux besoins des enfants accueilli·e·s. La prestation d’enseignement spécialisé se développe au fil du temps, s’adressant aujourd’hui également à des enfants au statut d’externes. Aujourd’hui, Pré-de-Vert est en mesure de proposer des prestations socio-éducatives, thérapeutiques et d’enseignement spécialisée à plus d’une centaine d’enfants dans diverses structures à l’interne ou à l’externe. Depuis 2005, l’Institution Pré-de-Vert est intégrée au dispositif cantonal défini dans le cadre de la politique socio-éducative du canton en matière de protection des mineurs.